프로그램 성능

현재 리눅스 페도라 코어 3.0 서버에서 + mysqld 를 사용해서 웹싸이트를 운영중에 있습니다.

간단한 java 코드를 사용해서 DB쪽에서 깨지는 데이터들을 바로 잡으려는데요.

속도면에서 약간 이상한 점이 있어서 도움을 요청합니다.

내부 테스트 서버에서 실행할 경우 전체 실행속도가 1시간 40분 정도 나옵니다.
데이터 처리량이 많거든요..^^;
내부 테스트 서버는 팬티엄4 2.8에 512M에 IDE 하드 거든요.
전체 데이터가 거의 25만건이구요. 대략 초당 200~300개씩 저장됩니다.

반면 실제 서버에서 처음에 테스트한 경우 48분 정도 나왔습니다.
실제 서버는 제온 2.4구요. 메모리는 2G입니다.

그런데.. cron으로 돌리니까. 48분이 4시간으로 늘어나더군요.. ㅡㅡ.
다시 테스트를 하기 위해서, 사용자 접속이 적은 시간에 돌렸는데도 여전히 속도가 나오질 않고 있습니다.
서버에서 돌아가는 데몬들도 sendmail, jrun, mysql이 있구요.

이상한 점은.. 실행후 top명령으로 cpu 점유율을 보니..
cpu가 대부분 놀고 있더군요.
iowait 부분도 85%저도 idle로 나타나구요.

프로그램의 초기부분에서. 23만건의 데이터를 select 하는 쿼리가 있는데요.
이때는 mysql이 cpu 90% 이상을 먹습니다만.
그 후에 java가 기껏해야. 10% 미만의 cpu를 잡고 있습니다.

어떤 부분을 의심해야 할지 감이 잘 오지 않네요..

헬프좀~~