웹서버인데 shell 명령어 없애도 될까요

완전 초보인데 어쩌다가 회사 홈페이지 서버관리하게 됐습니다.
엉성한 세팅에 잘 버텨오다가 최근 해킹을 한 번 당한 것 같은데 그후로도 계속 해킹시도가 되는 것 같습니다. (무늬만 관리자라는 것이 들통난듯 합니다 ^^;)
보안 관련 서적 10권 정도 사서 읽고 있는데 역시 기본적으로 리눅스에 대한 지식이 없으니 단기간에는 무리인듯 하네요.

그래서 말도 안되는 질문일지 모르지만 한 번 묻겠습니다.

혹시 리눅스 설치 후에 shell에서 사용되는 명령어를 floppy나 cd 같이 다른대로 옮겨버릴 수 있을까요. 그냥 홈페이지만 보여주면 되니까 필요 없어도 되지 않을까.... 업데이트 할때만 저장매체에서 램이나 하드로 잠깐 옮겨서 쓰고 다시 지우면 정말 안전해지지 안을까 해서 묻습니다.

말도안되는 질문이었습니다.