C언어로 CGI 작성시 CGI 프로세스의 퍼미션관리

현재 C언어로 웹상에서 특정 PC를 모니터링하는 프로그램을 짜고 있습니다.
기능들을 구현하면서 특성상 root 폴더에 접근해야 하는 경우가 많은데요,
로컬에서는 접근이 잘되는 (당연하겠지만..) 루트폴더가 웹상으로 돌리면
퍼미션관련하여 오류가 나고있습니다.

setuid 나 seteuid 등을 호출하여 접근권한을 올리려해도 (당연히 안되더군요)
최대한 편법을 사용하여 지금껏 다른 기능들을 구현하는데는 잘 피해갔습니다만,
하나 하나 걸리기 시작해서 결국은 이 문제를 해결해야할것 같네요 @_@;

생각나는건 아파치쪽에서 httpd.conf 쪽을 건들이거나 해야할것 같습니다만,
어디에 손을 대야하는건지 막막하옵니다 고수님들의 도움을 청합니다 (__);