소프트웨어 개발시 모듈을 파일별로 나누는 방법?

어떤 프로젝트에 참여하고 있는데.. 여러명이서 같이 개발하고 있습니다.. 함수로 모듈화하고, 자료구조도 잘 정의해놓고 이런것까지는 명확합니다.. 문제는 그런 함수와 자료구조를 어떤 소스파일에 분산시켜 담아놓느냐 하는건데.. 이게 장난이 아니더라구요.
아무리 독립적으로 각 모듈을 분산시키려고 해도 cross 참조를 하게되는 경우를 피할수가 없더군요.. 그래서 #include 를 하나만써도.. 그 헤더파일이 참조하고 있는 다른 헤더파일까지 같이 참조하고.. 또 참조된 헤더파일 내부의 #include가 또다른 헤더를 참조하고...그래서 각 모듈이 헤더를 참조하려면 쓸데없는것까지 다 끌고 들어오게 되거든요..

모듈로 나누는것과 나눠진 모듈을 독립된 파일에 담는것은 매우 다른 문제라는걸 이번에야 깨닫게 되었습니다.. 모듈로 잘 쪼개진.. 1000개의 함수가 있다 하더라도 하나의 헤더파일과 하나의 소스파일에 모두 담아낼수도 있지만 100여개의 파일에 분산시킬수있는 방법도 있지 않겠습니까. 그냥 독립적인 기능을 하는 모듈들끼리 하나의 헤더와 .c에 넣으라고 답변이 올라올듯도 한데요.. 그게 애매한 경우가 수도 없이 존재합니다.
A라는 스트럭쳐가 file_a.h에 있다면.. A가 어떤 하나의 모듈에 종속적일수만은 없어서 될 수 있으면 A와 관련없는것들은 모두 file_a.h에서 제거시켜야만 할테지만.. 그게 불가능합니다.
제 생각에는 file_a.h에 A를 억세스하는 함수의 정의를 놓고 file_a.c에 함수의 body를 넣는게 바람직하다고 보는데. (객체지향적으로 생각한다면 말이죠..) 그 함수가 또다른 자료구조 B를 참조한다 이 말입니다.. 그럼 그 B를 쓰기위해 하는수 없이 file_a.h 내부에다가#include "file_b.h"라는 코드를 넣어줘야 하고.. 이건 file_b.h 도 마찬가지여서 줄줄이 사탕처럼 다른 헤더도 물고 옵니다..

이건 sw설계와는 좀 다른 문제인것 같더군요..
이에 대해 조언이나 잘 나와있는 책이 있다면 추천을 부탁드립니다. 저한테 sw공학책이 있긴하지만.. 독립된 파일에 소스를 모듈별로 분산시켜 담는방법에 대해 언급한곳은 찾아볼수가 없었습니다. 모듈을 파일에 나눠담는 전략에 대한 노하우를 한수 가르쳐 주십시오.. 방법을 모르니 너무 힘들군요..