[질문]상대적으로 느린 하드디스크 속도에의해 발생하는 문제?

업데이트 프로그램을 만들다가 다음과 같은 문제를 겪었습니다.
업데이트 루틴은 다음과 같습니다.
1. 서버에서 업데이트 버전정보가 담긴 파일을 다운받아 새버전인지 검사
2. 새버전이면 업데이트 프로그램을 실행한후 자신은 exit
3. 업데이트 프로그램은 업데이트 수행후 새버전의 프로그램을 실행

이렇게 아주 간단한데요..
문제는 1과 3에서 발생했습니다.
버전정보파일엔 분명 새버전인데 현재버전과 동일버전으로 나와서 업데이트를 수행않하고, 강제로 업데이트를 수행해도 새버전을 받기만하고 실행을 않하는 겁니다.
며칠동안 머리를 쥐어뜯으며 고민하다가 결국 파일을 다운받은후 다음처리를 하기전에 sleep()을 해줘서 해결했습니다.
이렇게해서 해결되는걸로 봐서 아마두 다음 루틴을 수행할 당시에 디스크상엔 다운받은 파일이 존재하지 않아서 발생하는 문제로 추측되는데요..(제 생각이 맞는지요?)

제 생각이 맞다면 제가했던데로 sleep()으로 해결하는게 괜찮은 방법인가요?
혹은 더 좋은 방법이 있을까요?
사실 sleep()도 참 애매하더군요..
어떨땐 3초만 해줘도되고 어떨땐 5초정도 해줘야 할때도 있고, 또 하드웨어 사양에 따라 또 틀려질수도 있구요..

제가 만든 프로그램은 윈도우용이구요 fat32/ntfs에서 테스트한겁니다.
리눅스 혹은 다른 운영체제 혹은 다른 파일시스템에선 이런 문제가 발생하지 않는지도 궁금하군요.