C 포인터에 관한 간단한 질문...

char** a;

[포인터 변수 a] ---> [포인터 변수 a'] --> [char]

위와같이 2중 포인터 구조입니다.

a라는 변수는 a'를 가리키고 있게 됩니다. a'은 코드상에 없고,
실제로 할당되어있지도 않습니다.
할당되지 않은 주소에다가 strdup()의 결과로 리턴된 포인터값을
저장하려고 했기 때문에 에러가 발생하는 것입니다.
(에러가 발생 안하기도 하는 건 단순히 운이 좋았기 때문이죠)

다음과 같이 코딩하세요

a = malloc( sizeof(char*) * 10 ); 문자열 10개를 저장하는 포인터 배열

a[0] = strdup( "test1" )
a[1] = strdup( "test2" )
...
a[9] = strdup( "test9" )

10개만 malloc으로 할당했기 때문에 a[9]까지밖에 저장할 수 없습니다.
크기는 적절하게 정하시면 됩니다.

char a[10][1024] 를 의도하신 거라면

a[0] = malloc( 1024 ); //1024 바이트 길이의 버퍼를 10개 생성
a[1] = malloc( 1024 );
...
a[9] = malloc( 1024 );

이렇게 하시면 됩니다.

char a[1024][10]; 은 10바이트짜리 버퍼 1024개를 의미합니다.

malloc은 동적 메모리 할당..즉 가변적인 상황에 대처하기 위함입니다.

그런데 주어진 parseString(...) 을 보니

a = (char**)malloc(sizeof(char*) * 1000); /* 크기를 1000....*/

이렇게 1000을 미리 잡아 놓으셨는데..

이것보다는 strdup를 통해 할당하기 직전에서

*(a+aCnt) = (char *)malloc(sizeof(char *)); 하시면 될듯 합니다..

int parseString( char *msg ) 
{ 
    int aCnt, iCnt; 
    char **a; 

    aCnt = iCnt = 0; 
    
    while( msg[iCnt] != '\0' ) { 
        if( msg[iCnt] == '^' ) { 
            *(a+aCnt) = (char *)malloc(sizeof(char *));
            *(a+aCnt) = (char *)strdup( "hoho" ); 
            aCnt++; 
        } 
        iCnt++; 
    } 
} 

list<string> 사용하시면 안될까요?

이렇게 해보시면 어떨지..

#include <stdio.h>

int parseString( char *msg )
{
    int aCnt, iCnt, i;
    int default_size = 5;
    char **a;

    aCnt = iCnt = 0;
    a = (char**)malloc(sizeof(char*) * default_size);
    while( msg[iCnt] != '\0' )
    {
        if( msg[iCnt] == '^' )
        {
            *(a+aCnt) = (char *)strdup( "hoho" );
              aCnt++;

            if( aCnt >= default_size )
            {
                ++default_size;
                a = (char**)realloc( a, sizeof(char *) * default_size );
            }
        }
        iCnt++;
    }
    printf( "parseString END\n" );
    /* testing */
    for(i = 0;i < aCnt;++i)
    {
            printf("\n %s", *(a + i));
    }
}

int main()
{
    char tmpBuf[1024];

    memset( tmpBuf, '^', sizeof(tmpBuf)-1 );
    tmpBuf[sizeof(tmpBuf)-1] = '\0';

    parseString( tmpBuf );
    printf( "Main END\n" );
}

realloc은 문제를 많이 일으키기로 소문난 함수고요,
실제로
새 크기로 malloc
기존의 버퍼 새 버퍼로 copy
기존의 버퍼free
를 자례대로 하는것과 마찬가지거든요.
한번 호출 할때마다, 복사를 수행하게 되므로, 퍼포먼스가 크게 떨어집니다.
링크드 리스트 계열을 사용하시는 것이 좋은 선택 같습니다.

아니면 C++을 사용하셔서 STL을 사용하시면 아주 편합니다.

추신 생각해 보니 realloc하는게 포인터에대한 포인터이므로, 복사에 대한 부담이 크지는 않겠군요. 물론 포인터라해도 개수가 아주 많다면 부담이 되겠지요.

해결 되셨다니 다행입니다.
그런데 쓰신 글중에, 이중 포인터를 사용하신 이유가, 각 항목에 대한 빠른 액세스가 필요하셔서 그렇다고 하신 점을 제가 깜박 했군요.
만일 상수시간의 빠른 액세스가 필요하시다면, 배열밖에 방법이 없겠네요.
링크드 리스트는 삽입/삭제가 상수 시간에 이루어 지는 대신에, 액세스 시에 앞에서부터 차례대로 찾아 나가야 하니까요.

일정 바운더리를 두어서 그것이 넘을때만 realloc을 수행하는것도 좋은 생각이신것 같습니다. 실제로 많이 쓰이는 방법이기도 하고요. STL의 vector같은것도 같은 방식으로 구현되어 있는 것으로 알고 있습니다.

삽입/삭제 시간이 중요한지, 아니면 접근 시간이 중요한지 따지셔서 선택하시는게 좋을것 같습니다.