리눅스에서 chmod 명렁어를 c언어로 구현중입니다.

잘못 짠 프로그램은 프로그래머의 예상을 빗나가는 방식으로 잘못 동작할 수 있다는 사실의 교과서적인 예시로군요.

문제의 원인은 fd=(open(argv[i],O_RDWR))==-1가 프로그래머의 의도와 전혀 다른 방식으로 파싱된다는 데 있습니다.
대입을 먼저 하고 비교를 하고 싶으셨겠지만, 그렇게 되지 않지요.

사실 워낙 유구한 문제인지라 경험 있는 프로그래머라면 습관적으로 표현식의 일부분으로 대입문을 쓸 때는 괄호로 감싸게 됩니다.
귀하께서도 그렇게 하려고 하셨던 것 같은데 엉뚱하게도 open function call만 괄호로 감싸셨네요.

문제하고는 별개로, 왜 이렇게 했을 때 "첫 파일만 빼고 잘 동작하는" 결과가 나오는지가 진짜 진국입니다. 아주 어려운 문제는 아니니까 나중에 이 스레드를 보실 분들이 직접 풀어보실 수 있게 스포일러는 하지 않을게요. 그걸 몰라도 질문자의 문제는 해결할 수 있을 테니까요.

종합적으로 볼 때 정말 교과서적인 연습 문제로군요. 그러니까 교훈을 정리하면...

1. 대입문을 부분 표현식에 쓸 때는 괄호를 꼭 쓰세요. 대부분의 경우에 필요합니다. 아니, 일반적으로 그냥 우선순위를 엄격히 따질 자신이 없으면 괄호와 친하게 지내면 됩니다.

2. 컴파일이 잘 되더라도, 그리고 대부분의 경우에 잘 도는 것 같더라도 어처구니 없는 실수가 남아있는 경우가 있지요. 테스트를 엄격히 해 봐야 하는 이유입니다. 예를 들어 이 프로그램의 경우는 open이 -1을 반환하는 경우를 직접 테스트해봤다면 무엇과 관련해서 문제가 있었는지 좀 더 빨리 눈치채실 수 있었을 겁니다.

0. 질문할 때 텍스트 데이터는 텍스트로 올려주세요. 이건 기본적인 예의입니다. 문제가 충분히 재밌지 않았다면 이런 글은 답글도 별로 달고 싶지 않았을 겁니다.