CentOS release 6.4에서 6.5로 올리지 않는 것과 커널 업데이트와는 다른 것인지요?

원하시는 바는 의미가 없습니다. repository 구조상 6.5로 업데이트하지 않겠다는 의미는 yum update를 포기하는 것과 같은 의미입니다. 그리고 /etc/issue나 /etc/centos-release는 그냥 현재 버전을 표시하는 것 뿐이므로, 단지 이 파일에 6.4로 표시되기를 원한다면, /etc/yum.conf에 exclude로 centos-release를 등록하면 되지만, 그렇다고 해서 6.5로 업데이트가 되지를 않는 것은 아닙니다.

이전에 webmin 문제 때문에 올리셨었는데, webmin의 이상 동작하는 원인을 찾아서 수정하는 것이 바른 방법이지, 이문제 때문에 OS 업데이트를 하지 않겠다는 것은 보안 업데이트를 포기하겠다는 것과 동일 선상이라고 보시면 됩니다.

이상 동작을 할 때의 webmin log를 확인 하셔서, 원인을 찾아서 수정을 하든지 아니면 원인이 되는 패키지를 찾아서 이 패키지만 업데이트를 막는 방법 쪽으로 진행해 보시기를 권장합니다.