C언어 공부 하면서 궁금한 부분입니다.

안녕하세요 현재 C언어로 프로그램 공부를 하고 있는 공군 병장 입니다.
요즘 Visual c++ 과 Dev c++로 코딩을 하면서 배열과 구조체 그리고 포인터와 자료구조를 공부하면서
포인터를 활용하는 방법이나 절차지향언어로써의 데이터의 흐름, 자료구조에서의 데이터를 표현하고 처리하는 방식에 대해서
재미있게 공부를 해 나가는 도중에 예전부터 오랬동안 고민해왔던 문제에 대해서 여러 선배님들께 조언을 받을수 있을까 해서 질문 올리겠습니다.

우리가 C로 항상 코드를 짜고 컴파일을 하고 실행을 시켜보면 CMD창에서 우리가 작성한 코드의 내용을 보여줍니다.
그리고 늘 링크하는 과정에서 응용프로그램이 만들어지고 거의 대부분의 방식이 이 연결고리를 통해 프로그램이 만들어지는 방식으로 알고 있습니다.

항상 개발툴에서 코드를 짜고 컴파일을 하고 빌드하고 실행시켜서 CMD창에서만 그 결과를 확인하다가 우리가 흔히 사용하는 V3나 각종 응용프로그램들을 실행시켰을때 나오는 창의 크기도 다르고 더 세련되 있는데 도데체 이런 프로그램들은 어떤 언어로 만들어졌기에 제가 항상 CMD창에서 실행시켜 나오는것과 이리도 다를수 있는지.. 그것에 관해서 궁금해서 질문 올렸습니다.
제가 추측하기에는 제가 써놓은 코드위에다가 디자인을 덧입혀서 그렇게도 달라보이는지..
아니면 인터페이스 적인 부분을 공부해야 알수 있다던지.. 하는 제 추측만 난무하다가 이제서야 질문 올립니다.

아직 학부생이고 지금은 군인이라 경험도 많이 부족하고 모르는것이 정말 많습니다.
모르는 부분의 윤곽을 채우기 위해서는 질문밖에 없다고 생각해서 여기계신 선배님들의 피가되고 살이되는 귀중한 답변을 부탁드리겠습니다.