대량의 파일내용을 받아 어떤 일정문자열과 비교하는 프로그램의 문제점.. 입니다 도와주세요~

500000개의 한줄의 문자열이 저장되어 있는 파일(파일의 내용은 규칙 없이 나열된 ACTGCTACGTAGCTACAGTCAGCTAGCTAGCT... 같이 AGCT 네개의 문자가 무작위로 나열된 문자열입니다.)을 받아 20개의 문자열을 500000개의 문자열과 어느정도 비슷한지 퍼센트를 구하는 간단한 프로그램을 만들었습니다.

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#define MAX_size 500001
 
int main(void){
        int i, h, l, per;
        FILE *fp;
 
        char ref[MAX_size];
 
        fp=fopen("ref.txt", "r");
        fscanf(fp, "%s", &ref[0]);
 
        int ref_len=strlen(ref);
 
        char pri[]="CATGAACATGCATGCATCACGT";
        int pri_len=strlen(pri);
 
        l=ref_len-pri_len+1;
        char ref_arr[l][pri_len];
 
        for(h=0; h<l; h++){
                int j=0;
                for(i=h; i<pri_len+h; i++){
                        ref_arr[h][j]=ref[i];
                        j++;
                }
        }
 
        for(h=0; h<l; h++){
                int co=0;
                for(i=0; i<pri_len; i++){
                        printf("%c", ref_arr[h][i]);
                        if(ref_arr[h][i] == pri[i]){
                                co++;
                        }
                }
                per=100*co/pri_len;
                printf(" %d", per);
                printf("\n");
        }
        return 0;
}

결과는
~~~~~~~(중략)~~~~~~~
ATTTTTGAAAGCTCCACA 27
TTTTTGAAAGCTCCACAT 22
TTTTGAAAGCTCCACATA 33
TTTGAAAGCTCCACATAT 27
TTGAAAGCTCCACATATC 44
TGAAAGCTCCACATATCC 16
GAAAGCTCCACATATCCA 22
AAAGCTCCACATATCCAG 22
AAGCTCCACATATCCAGG 38
AGCTCCACATATCCAGGT 0
GCTCCACATATCCAGGTA 33
CTCCACATATCCAGGTAC 27
TCCACATATCCAGGTACA 38
CCACATATCCAGGTACAC 16
CACATATCCAGGTACACT 33
ACATATCCAGGTACACTC 27
CATATCCAGGTACACTCG 44
ATATCCAGGTACACTCGA 0
~~~~~~~(중략)~~~~~~~
위와 같습니다.

문제는 여기서 비교할 문자열이 24개의 문자열을 초과하면 결과가 출력되지를 않습니다. 다른 조건에서는 어떤 결과가 나오는 지를 알아보기 위해 아래와 같이 테스트를 하였는데,
define MAX_size를 250001로 지정하고 250000개의 한줄의 문자열이 저장되어 있는 파일을 받아 49개의 문자열을 초과하였을 때 결과가 나오지를 않고,
define MAX_size를 500001로 지정하고 500000개의 한줄의 문자열이 저장되어 있는 파일을 받아 24개의 문자열을 초과하였을 때 결과가 나오지를 않고,
define MAX_size를 1000001로 지정하고 1000000개의 한줄의 문자열이 저장되어 있는 파일을 받아 11개의 문자열을 초과하였을 때 결과가 나오지를 않고,
define MAX_size를 2000001로 지정하고 2000000개의 한줄의 문자열이 저장되어 있는 파일을 받아 5개의 문자열을 초과하였을 때 결과가 나오지를 않습니다.

무조건 500000개나 1000000개의 문자열과 같이 대량의 데이터를 받아야 합니다...
왜 결과가 나오지 않는지가 궁금합니다.

도와주세요~~!!