php 에서 mysql_query 이용시 쿼리문 길이 제한이 어디서 생기는건가요?

mysql_query 로 쿼리를 할 때 where 문에 colum not in (a,b,c,.....) 를 쓸 경우 a,b,c 에 해당하는 데이터가 많아질경우 쿼리결과에 아무것도 안나오는 문제가 생기는 경우가 생기더군요. 에러가 나는것도 아니고 단지 쿼리결과가 아무것도 없는것으로 나옵니다. 즉, not in 으로 걸러진 나머지 데이터들이 나와야 하는데 그녀석들 마저 안나오고 쿼리는 정상적으로 처리된것으로 결과가 나오더라구요.

걸러내야 할 데이터 양이 많아질때는 컬럼을 만들거나 해서 not in 을 쓰지 않는 방법을 쓰는것이 맞겠지만, 이게 어떤 제한때문에 생기는 문제인지 알고싶어서 질문을 올려봅니다. php.ini 에서 설정하는 메모리쪽 문제인건지 아니면 my.cnf 의 DB 메모리 제한을 늘려줘야 하는건지.. 아니면 그외에 다른 부분에서 생기는 문제인지.. 현재 mysql 서버는 5.0.24 이고, php 는 5.2.0 입니다.

조언 부탁드립니다.. ^__^;;