현재 위치

홈 ›› Forums ›› 공부 ›› 프로그래밍 QnA

리눅스 fasta 텍스트 파일 중에 개행문자 없애는 함수나 script 좀 알려주실분

windyguy81의 이미지
글쓴이: windyguy81 / 작성시간: 금, 2010/01/15 - 3:20오후

fasta 텍스트 파일의 개행함수를 없애고 싶습니다

예) >123415
asdfasdgasdgasdfasdf
>12
asdf
해결 후) >123456 asdfasgsadgsadgas
>12 asdf

요런식으로 만들고 싶은데 개행함수를 제거하여야 하나요 아님 다름방법으로 해야하나요
제가 리눅스 완전 초보라 도통 모르겟네요 ㅠ

Forums: 
프로그래밍 QnA
alfalf의 이미지

글쓴이: alfalf / 작성시간: 금, 2010/01/15 - 4:21오후

전 아래와 같은 스크립트를 이용합니다.
FASTA 형태 서열의 파일명이 test.fasta일 때

(sed 's/\(>.\+\)/\1\t/' test.fasta | tr -d '\n'| tr '>' '\n' | sed '1d; s/^/>/'; echo) > test.lst

위와 같이 명령을 내리시면 원하시는 형태의 test.lst 파일이 생성됩니다.
windyguy81의 이미지

글쓴이: windyguy81 / 작성시간: 금, 2010/01/15 - 4:49오후

위와 같이 하니
예 ) >proteinexpressedASDFGASDFASGASDFASG
>proteinexpressedSHGJSAHGJASDFHASGJAS

이렇게 나오네요 이것을
>proteinexpressed ASDFGASDFASGASDFASG
>proteinexpressed SHGJSAHGJASDFHASGJAS
이런식으로 변환가능할까요 ? annotation 한칸뒤로는 전부 합쳐진 상태고요
혹시나 가능할까요 ;;
제가 다른 방식으로 해도 예제와 같게 나오거나
annotation 뒤로 한칸띄고 60서열간격으로 계속 스페이스바로 나오네요 ㅠ
혹시나 가능할까요 ;

windyguy81의 이미지

글쓴이: windyguy81 / 작성시간: 금, 2010/01/15 - 4:49오후

위와 같이 하니
예 ) >proteinexpressedASDFGASDFASGASDFASG
>proteinexpressedSHGJSAHGJASDFHASGJAS

이렇게 나오네요 이것을
>proteinexpressed ASDFGASDFASGASDFASG
>proteinexpressed SHGJSAHGJASDFHASGJAS
이런식으로 변환가능할까요 ? annotation 한칸뒤로는 전부 합쳐진 상태고요
혹시나 가능할까요 ;;
제가 다른 방식으로 해도 예제와 같게 나오거나
annotation 뒤로 한칸띄고 60서열간격으로 계속 스페이스바로 나오네요 ㅠ
혹시나 가능할까요 ;

댓글 달기

텍스트 포맷에 대한 자세한 정보

Filtered HTML

  • 텍스트에 BBCode 태그를 사용할 수 있습니다. URL은 자동으로 링크 됩니다.
  • 사용할 수 있는 HTML 태그: <p><div><span><br><a><em><strong><del><ins><b><i><u><s><pre><code><cite><blockquote><ul><ol><li><dl><dt><dd><table><tr><td><th><thead><tbody><h1><h2><h3><h4><h5><h6><img><embed><object><param><hr>
  • 다음 태그를 이용하여 소스 코드 구문 강조를 할 수 있습니다: <code>, <blockcode>, <apache>, <applescript>, <autoconf>, <awk>, <bash>, <c>, <cpp>, <css>, <diff>, <drupal5>, <drupal6>, <gdb>, <html>, <html5>, <java>, <javascript>, <ldif>, <lua>, <make>, <mysql>, <perl>, <perl6>, <php>, <pgsql>, <proftpd>, <python>, <reg>, <spec>, <ruby>. 지원하는 태그 형식: <foo>, [foo].
  • web 주소와/이메일 주소를 클릭할 수 있는 링크로 자동으로 바꿉니다.

BBCode

  • 텍스트에 BBCode 태그를 사용할 수 있습니다. URL은 자동으로 링크 됩니다.
  • 다음 태그를 이용하여 소스 코드 구문 강조를 할 수 있습니다: <code>, <blockcode>, <apache>, <applescript>, <autoconf>, <awk>, <bash>, <c>, <cpp>, <css>, <diff>, <drupal5>, <drupal6>, <gdb>, <html>, <html5>, <java>, <javascript>, <ldif>, <lua>, <make>, <mysql>, <perl>, <perl6>, <php>, <pgsql>, <proftpd>, <python>, <reg>, <spec>, <ruby>. 지원하는 태그 형식: <foo>, [foo].
  • 사용할 수 있는 HTML 태그: <p><div><span><br><a><em><strong><del><ins><b><i><u><s><pre><code><cite><blockquote><ul><ol><li><dl><dt><dd><table><tr><td><th><thead><tbody><h1><h2><h3><h4><h5><h6><img><embed><object><param>
  • web 주소와/이메일 주소를 클릭할 수 있는 링크로 자동으로 바꿉니다.

Textile

  • 다음 태그를 이용하여 소스 코드 구문 강조를 할 수 있습니다: <code>, <blockcode>, <apache>, <applescript>, <autoconf>, <awk>, <bash>, <c>, <cpp>, <css>, <diff>, <drupal5>, <drupal6>, <gdb>, <html>, <html5>, <java>, <javascript>, <ldif>, <lua>, <make>, <mysql>, <perl>, <perl6>, <php>, <pgsql>, <proftpd>, <python>, <reg>, <spec>, <ruby>. 지원하는 태그 형식: <foo>, [foo].
  • You can use Textile markup to format text.
  • 사용할 수 있는 HTML 태그: <p><div><span><br><a><em><strong><del><ins><b><i><u><s><pre><code><cite><blockquote><ul><ol><li><dl><dt><dd><table><tr><td><th><thead><tbody><h1><h2><h3><h4><h5><h6><img><embed><object><param><hr>

Markdown

  • 다음 태그를 이용하여 소스 코드 구문 강조를 할 수 있습니다: <code>, <blockcode>, <apache>, <applescript>, <autoconf>, <awk>, <bash>, <c>, <cpp>, <css>, <diff>, <drupal5>, <drupal6>, <gdb>, <html>, <html5>, <java>, <javascript>, <ldif>, <lua>, <make>, <mysql>, <perl>, <perl6>, <php>, <pgsql>, <proftpd>, <python>, <reg>, <spec>, <ruby>. 지원하는 태그 형식: <foo>, [foo].
  • Quick Tips:
    • Two or more spaces at a line's end = Line break
    • Double returns = Paragraph
    • *Single asterisks* or _single underscores_ = Emphasis
    • **Double** or __double__ = Strong
    • This is [a link](http://the.link.example.com "The optional title text")
    For complete details on the Markdown syntax, see the Markdown documentation and Markdown Extra documentation for tables, footnotes, and more.
  • web 주소와/이메일 주소를 클릭할 수 있는 링크로 자동으로 바꿉니다.
  • 사용할 수 있는 HTML 태그: <p><div><span><br><a><em><strong><del><ins><b><i><u><s><pre><code><cite><blockquote><ul><ol><li><dl><dt><dd><table><tr><td><th><thead><tbody><h1><h2><h3><h4><h5><h6><img><embed><object><param><hr>

Plain text

  • HTML 태그를 사용할 수 없습니다.
  • web 주소와/이메일 주소를 클릭할 수 있는 링크로 자동으로 바꿉니다.
  • 줄과 단락은 자동으로 분리됩니다.
댓글 첨부 파일
이 댓글에 이미지나 파일을 업로드 합니다.
파일 크기는 8 MB보다 작아야 합니다.
허용할 파일 형식: txt pdf doc xls gif jpg jpeg mp3 png rar zip.
CAPTCHA
이것은 자동으로 스팸을 올리는 것을 막기 위해서 제공됩니다.