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리눅스 fasta 텍스트 파일 중에 개행문자 없애는 함수나 script 좀 알려주실분

windyguy81의 이미지
글쓴이: windyguy81 / 작성시간: 금, 2010/01/15 - 3:20오후

fasta 텍스트 파일의 개행함수를 없애고 싶습니다

예) >123415
asdfasdgasdgasdfasdf
>12
asdf
해결 후) >123456 asdfasgsadgsadgas
>12 asdf

요런식으로 만들고 싶은데 개행함수를 제거하여야 하나요 아님 다름방법으로 해야하나요
제가 리눅스 완전 초보라 도통 모르겟네요 ㅠ

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프로그래밍 QnA
alfalf의 이미지

글쓴이: alfalf / 작성시간: 금, 2010/01/15 - 4:21오후

전 아래와 같은 스크립트를 이용합니다.
FASTA 형태 서열의 파일명이 test.fasta일 때

(sed 's/\(>.\+\)/\1\t/' test.fasta | tr -d '\n'| tr '>' '\n' | sed '1d; s/^/>/'; echo) > test.lst

위와 같이 명령을 내리시면 원하시는 형태의 test.lst 파일이 생성됩니다.
windyguy81의 이미지

글쓴이: windyguy81 / 작성시간: 금, 2010/01/15 - 4:49오후

위와 같이 하니
예 ) >proteinexpressedASDFGASDFASGASDFASG
>proteinexpressedSHGJSAHGJASDFHASGJAS

이렇게 나오네요 이것을
>proteinexpressed ASDFGASDFASGASDFASG
>proteinexpressed SHGJSAHGJASDFHASGJAS
이런식으로 변환가능할까요 ? annotation 한칸뒤로는 전부 합쳐진 상태고요
혹시나 가능할까요 ;;
제가 다른 방식으로 해도 예제와 같게 나오거나
annotation 뒤로 한칸띄고 60서열간격으로 계속 스페이스바로 나오네요 ㅠ
혹시나 가능할까요 ;

windyguy81의 이미지

글쓴이: windyguy81 / 작성시간: 금, 2010/01/15 - 4:49오후

위와 같이 하니
예 ) >proteinexpressedASDFGASDFASGASDFASG
>proteinexpressedSHGJSAHGJASDFHASGJAS

이렇게 나오네요 이것을
>proteinexpressed ASDFGASDFASGASDFASG
>proteinexpressed SHGJSAHGJASDFHASGJAS
이런식으로 변환가능할까요 ? annotation 한칸뒤로는 전부 합쳐진 상태고요
혹시나 가능할까요 ;;
제가 다른 방식으로 해도 예제와 같게 나오거나
annotation 뒤로 한칸띄고 60서열간격으로 계속 스페이스바로 나오네요 ㅠ
혹시나 가능할까요 ;

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