printf와 fprintf의 다른점...

stdout과 stderr 차이 때문에 문제가 발생한다는 건 좀 이상하네요.
간단한 코드이면 한번 올려봐 주세요.
의외로 딴 곳에서 발생한 문제일 수 있을테니까요.

stderr은 바로 바로 그 내용을 출력합니다만 stdout은 버퍼링을 합니다.
같은 효과를 내고 싶으면 바로바로 fflush(stdout)을 하세요.

#include <stdarg.h>
#include <stdio.h>

#undef printf

/* Write formatted output to stdout from the format string FORMAT.  */
/* VARARGS1 */
int
printf (const char *format, ...)
{
  va_list arg;
  int done;

  va_start (arg, format);
  done = vfprintf (stdout, format, arg);
  va_end (arg);

  return done;
}

#ifdef USE_IN_LIBIO
# undef _IO_printf
/* This is for libg++.  */
strong_alias (printf, _IO_printf);
#endif

#include <stdarg.h>
#include <stdio.h>


/* Write formatted output to STREAM from the format string FORMAT.  */
/* VARARGS2 */
int
fprintf (FILE *stream, const char *format, ...)
{
  va_list arg;
  int done;

  va_start (arg, format);
  done = vfprintf (stream, format, arg);
  va_end (arg);

  return done;
}
libc_hidden_def (fprintf)

#ifdef USE_IN_LIBIO
/* We define the function with the real name here.  But deep down in
   libio the original function _IO_fprintf is also needed.  So make
   an alias.  */
weak_alias (fprintf, _IO_fprintf)
#endif