펄을 이용해 문서 내 특정 라인들의 내용을 다른 결과값으로 바꿀려고합니다.

펄을 이용해 실험프로그램을 구성하는데 처음으로 코딩이라는 걸 해 보니 어렵습니다.
하나씩 검색하면서 여기서 도움 많이 받았는데 또 막혀서 결국 도움글까지 올리게 되었습니다ㅜㅜ

아래와 같이 총 100여개의 실험 샘플에 대한 실험 결과 파일(result_clean.mlf)이 있습니다.

#!MLF!#
"'*'/Bn036.rec" # 샘플1 파일명
0 264000000 benign -6817.687500 # 샘플 1의 결과값
.
"'*'/BL5_44100.rec" # 샘플2 파일명
0 61600000 benign -1725.979614 # 샘플 2의 결과값
.
# 100개의 샘플에 대한 파일명과 결과값이 연속으로 나타납니다(다 적기에는 양이 많아서..)

기본이 되는 위의 'result_clean.mlf' 파일의 내용으로 다른 실험을 위해 각 샘플의 결과값(0 264000000 benign -6817.687500)만을 변경하여 동일한 형식으로 'result_clean_ch.mlf'에 저장하고자 합니다.
변결 될 내용은 아래의 for문과 같습니다.

$REC_DIR=`cd`;
chop($REC_DIR);
 
open(fp1,"result_clean.mlf");
open(fp2,">result_clean_ch.mlf");
@line=<fp1>;
chop(@line);
close(fp1);
 
for($j=2;$j<$#line;$j=$j+3)
{		
	$test= "$line[$j]";
	@line2=split(/ /,$line[$j]);	
	$result=$line2[3]/$line2[1]/10000;
	$line2[3] = $result;
	$line2[1] = "100000";
	print fp2 "$line2[0] $line2[1] $line2[2] $line2[3]\n";
 
}

최종적으로는 다음과 같이 만들고 싶습니다.

#!MLF!#
"'*'/Bn036.rec" # 샘플1 파일명
0 100000 benign -2.58245738636364 # 샘플1 의 결과값을 for문으로 변경한 결과값
.
"'*'/BL5_44100.rec" # 샘플2 파일명
0 61600000 benign -2. 80191495779221 # 샘플2 의 결과값을 for문으로 변경한 결과값
.

새로운 파일로 저장해도 되고 원본 파일에 for문으로 수정한 내용만 치환 시킬 수 있어도 되고요

정말 기초적인 내용일 수 있고 복잡할 수도 있는데 자연계열의 저로서는 코딩이 너무 어렵네요..
고수님들 도움 부탁드립니다 꾸~벅