cortex-a9보드로 uart통신 사용하여 io shield보드에 있는 atmega328를 통해 pwm제어하려고 하는데 궁금한 점이 있어서 질문하나 올립니다.

저희가 cortex-a9보드로 uart 통신을 이용하여 io shield보드에 있는 atmega328를 통해 pwm제어 하려고 하는데요(인터넷에는 다들 아두이노로 제어를 하셨는데 저희는 리눅스에 직접 app를 작성하여 제어하고 싶습니다.)
제가 알아본 바로는 io shield는 이미 프로그래밍 다 되어 있어서 간략한 명령어로 바로 제어가 가능하다는데 어떤 명령을 써서 핀을 in/out으로 정하고 어떻게 값을 컨트롤 해야 되는지에 대한 명령어좀 알려주시면 감사하겠습니다. 그리고 혹시 이내용에 대한 참고 사이트나 문서있으면 알려주시면 감사하겠습니다.