안녕하세요. 프로그래밍을 공부하고있는 학생입니다.

(철저히 사견임을 미리 밝힙니다.)

일단 일본에서 일한다는 것 자체는, 일본어에 익숙하다는 것 외에는, 나중에 한국에 리턴했을때 주는 메리트가 별로 없는 것 같습니다. 그렇다고 해가 되는 것도 아니지만 말이죠.
결국 해당 일본회사가 어느정도의 메리트를 주는 회사인지가 중요하다는 원론적인 결론에 이른다 하겠습니다.
(물론 본인이 평소부터 일본 이민을 원해왔거나, 커리어를 일본에서 마치실 생각이 있거나, 친척이나 가족이 거주한다면 얘기가 다르지만, 본문 내용상 이런 케이스는 아닌 것 같으니 제외하겠습니다.)

따라서 저라면 해당 회사가 어떤 회사인지 현지에서의 평판을 위주로 알아볼 것 같은데, 일본어를 지금 막 배우시는 단계라면 그것도 쉽지가 않겠네요.
또한 아무리 일본어가 한국어와 극히 일부 유사점이 있다 한들 어릴때부터 평생 배우는 영어로도 외국생활이 쉽지 않은데 지금 기초부터 닦아서 회사 실무가 가능한 수준의 일본어 구사가 언제쯤 가능해질지 의문이고요.
만약 한국인이 많은 회사라 고급 일본어의 사용을 하지 않아도 된다면 그 또한 큰 문제입니다. 자칫하면 일본회사와 한국회사의 단점만 추려서 취하는 (...) 결과가 될 수 있습니다.

종합하면 당장 일본어에 능숙하다 해도 특별한 메리트가 보이지 않는 판에, 일본어를 처음부터 배워가며 진출하는 것에는 조금 회의적이라는 결론이 되겠고
그럼에도 불구하고 한국에서 본인이 취업가능한 수준의 직장에 비해 말씀하신 그 일본 회사가 훨씬 더 좋은 회사다. 이러면 여전히 고려해볼 만한 가치가 있겠습니다만, 현재 상황상 그걸 정확히 알아보기가 쉽지 않을 것 같다는 얘기죠.

그리고 이건 본문과는 무관한 조언이지만, 일본에 가시든 한국에서 취업하시든 야간대학이나 기타등등의 형태로 가급적 빨리 정규 4년제 학사학위를 받아두시는 것을 추천합니다.