freeciv 라는것이 5555포트를 장악하고 있습니다.

사용중이신 '특정 용도'의 프로그램이 아이피:5555 에만 바인딩하고 있기 때문입니다.

'특정 용도'의 프로그램을 종료시킨 다음,
그 프로그램 대신 netcat으로 5555번 포트를 점유하게 하되 그 바인딩 양상을 아래와 같이 바꿔가며
아이피 및 localhost에 대한 nmap 결과를 점검해보시면 이해가 될 것입니다.
조합에 따라 5555번 포트정보가 나오기도 하고 안 나오기도 하겠죠.

1. $ nc -l -k 아이피 5555
2. $ nc -l -k localhost 5555
3. $ nc -l -k 0.0.0.0 5555

지금 쓰시는 서버에는 아무 이상이 없는 것 같습니다.
nmap이 보여주고 있는 5555번 포트 관련 메시지는
단지 5555번 포트가 '무언가'에 의해 열려있다는 의미일 뿐이고요.

그 '무언가'는 위에서 예로 사용한 nc가 될 수도 있고,
지금 사용중이신 '특정 용도' 프로그램이 될 수도 있죠.
nmap은 그 프로그램이 무엇인지까지 추적해준 것이 아니고
해당 포트의 전형적인 용도에 대한 참고정보만을 주었을 뿐입니다.

요컨데, 프로세스 스캐닝까지 해주는 것이 아니고 소켓을 통한 포트 스캐닝만 해주는 것이죠.