[질문]그라운드와 관련된 질문

안녕하세요.
몇가지 여쭈어 보고자 글을 올립니다.
첨부된 그림파일을 참고해 주시구요.

[Box 설명]
-DC-DCboard: 24v DC 전원을 받아서 3.3v를 만듦.
-FPGA가 있는 board : 3.3v와 1.5v를 받아서 구동. PC의 parallel port 중 8핀만 이용하여 통신.
"Box"를 구동하기 위한 logic이 구현됨.
-"Box GND" 와 "Vin_n"은 연결되어 있지 않음.

[주변 상황]
-"Box"를 "Box_xxx"와 통신을 위한 test 과정임.
-test 환경이 안좋았다고 함.(Power supply의 불안정(여러개 사용), 노후화된 장비들, 청결하지 않은 환경.등->러시아)

[test 방법 및 문제의 증상]
-그림과 같이 isolation되는 "DC-DCboard"에 24v전원 공급, PC와 통신을 할 때도 있고 안 할 때도 있었음.
항상 scope의 probe를 "signal"에 연결하고 probe의 gnd를 "Vin_n"과 연결함.
-각 장비들의 접지 유무는 확실하지 않음.
-그림과 같이 test 하였을 때 "FPGA board"에 FPGA chip만 망가짐.(3번 발생)
-문제 발생시 상황을 잘 모름. power 공급시 over current 흐름.(3.3v와 1.5v short 됨.FPGA제거 시 정상.)
-내부적으로 test 할 시엔 NI module을 사용하여 통신함.(한번도 위 증상 발생하지 않음.)

[의심되는 사항]
1>scope의 잘못된 연결 및 GND의 영향?
2>불안정한 power supply의 영향?
-supply의 종류에 따라 FPGA에 공급되는 3.3v와 1.5v 값이 튈 수 도 있다고 함.

제가 직접 실험한 것이 아니라서 정확한 상황은 모르겠습니다.
하지만 내부적으로 test 할 시엔 한번도 발생한 적이 없었던 문제라 걱정입니다.
고장난 "FPGA board"를 3번 교체를 하였는데 문제가 터지는 간격이 불규칙합니다.(몇 일에서 하루 간격)
실험자는 setting 그대로 손도 안 대었다고 하는데... 좀 답답하네요.
다시 내부에서 위 상황을 재현하려 했지만 발생하지 않습니다.(좀 더 해 봐야 겠지만요)
일단 항상 parallel mode일때만 문제가 발생했다는 것이 의심되고
러시아에서 이미 NI mode로도 근 한달간 test 하였을 때 이상이 없었다고합니다.-_-;;
정말 두서 없이... 정확한 근거도 없이 이렇게 여쭈기가 민망하네요.
지식이 짧아서 이렇게나마 여쭈어 봅니다. 많은 조언 부탁드립니다.
감사합니다.