소스분석할때 사용하는 툴 있으세요?

php 로 만들어져있는 회사 사이트를 분석하려는데 규모보단 워낙에 여러사람 손을 거치면서 중구난방으로 여기저기 흩어져 있는 상태라 분석하면서 정리좀 해보려는데 유용한 툴이 있을까 싶어서 질문 올립니다.

마인드맵 툴을 이용해보려 했는데 왠지 마땅치가 않더군요..

파일갯수가 워낙에 많아서 파일별로 분류하고 또 파일내에서 적용된 함수나 수행하고 있는 작업에 대해서도 명시하고 수행하는 작업에서 어떤 라이브러리 파일의 어떤 함수를 사용하고 있는지도 정리해놔야 할듯한데 어떻게 해야 할지 막막합니다;;

이걸 분석을하고 정리를 해야 손을 대서 고치든 할텐데요...