쉘에서 볼때와 ftp로 볼때 폴더가 차이가 나는 이유가 뭘까요?

안녕하세요.. 초보 jsp개발자입니다...

모 웹페이지를 리뉴얼 해야 해서.. 기존 소스를 다운로드 받으려고 했습니다.

ftp프로그램으로 접속해서 다운로드 받으려고 했더니 몇개 받고 끊어지고, 몇개 받고 끊어지고를 반복해서 도저히 다운로드를 받을 수가 없어서, 쉘로 접속해서 tgz로 하나로 압축하여 다운로드 하려고 했습니다.

그런데 압축하면서 보니 ftp로 접속했을때는 보이지 않던 폴더들이 같이 압축이 되더군요.

압축이 도저히 끝날 기미를 안 보여서...

중단시킨뒤에 쉘에서 ls를 해보니, 보이는 폴더가 전혀 달랐습니다.

ftp프로그램으로 접속해서 보았을때보다 쉘에서 보이는 폴더가 훨씬 많더라구요...

또는 보이는 폴더명이 같더라도, 해당 폴더안에 들어가서 보면 쉘에서만 보이고 ftp에서는 안 보이는 폴더가 있더군요.

이렇게 특정폴더가 ftp에서는 안보이고, 쉘에서만 보이는 이유는 무엇일까요?

(참고로 해당 서버는 리눅스가 아니고 AIX나 솔라리스 였던 것 같습니다)