환경변수(redhat)가 적용되지 않네요.

고수님들 답변 부탁합니다.

리눅스가 부팅되면 서버프로그램이 자동으로 실행됩니다.
그런데, 적용되어 있어야할 환경변수가 적용되어 있지 않네요.
system("env > env.log")로 확인했습니다.
그런데, 쉘(bash,유저:root)를 열어서 확인해보면 적용되어 있습니다.

환경변수 쉘은 /etc/profile.d/에 들어가 있구요.
프로그램은 /etc/rc.d/안에 있는 파일에서 실행됩니다.

어느곳이 잘못되어 있을 경우 이렇게 되나요?
답변 부탁드립니다.