VIM에서 문서가 한줄로 붙어 나옵니다

유닉스 파일에서 새로운 줄로 변경시 사용하는 문자는 lf(line feed)입니다.
도스나 윈도우즈인 경우는 lf(line feed )와 cr(carrage return)를 같이 사용합니다.
맥에서는 cr만 사용합니다.

그래서 처음 보여주신 html 파일에서 ^M을 보여준 이유입니다.

여러 파일에 적용하시려면 dos2unix( 역인 경우 unix2dos ) 명령을 사용하면 됩니다. - 물론 unix 환경인 경우

호환성을 고려한다면 dos 텍스트 파일보다 unix 텍스트 파일 포맷으로 저장하시는 것을 추천합니다.

최근 ultra editor 같은 윈도우즈용 문서 편집기들 같은 경우 파일 포맷 설정을 사용자가 설정 가능합니다.

참고로 vim에서 파일 포맷을 정하려면
:set ff=unix 나
:set ff=dos 을 사용후 :w 하는 방법도 있습니다.

제가 정리해놓은게 있네요.
여러 파일에 대해 어떤 동작을 수행하도록 하는 겁니다.
참고하시면 될 것 같습니다.

* 모든 파일에 대해서 라인 뒤쪽의 공백 제거하기

# find . -type f -name "*.c" -o -name "*.h" -exec vi -e -c ":%s/\s\+$//g" -c ":wq" {} \;