makedepend 쓰시는 분 없나요? 경로 지정 문제

일단 main.c 파일을 예제로 만들어서 보겠습니다.

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
 
void main() {
        malloc(0);
        printf("I'm Main\n");
}

이 파일을 가지고 makedepend를 실행하면 아래와 같은 경고가 나옵니다.

$ makedepend main.c
makedepend: warning:  main.c (reading /usr/include/stdio.h, line 34): cannot find include file "stddef.h"
        not in /usr/include/stddef.h

저 stddef.h 파일은 제 시스템의 경우 /usr/lib/gcc/i686-pc-linux-gnu/4.1.2/include/stddef.h 디렉토리에 있습니다. 컴파일러에 의존적인 파일로 관리하는 듯한데, 그래서 gcc로 main.c를 빌드할 때는 에러가 전혀 안 나지만 makedepend는 그렇지가 않습니다. makedepend에 -I 옵션으로 경로를 지정해 주어도 되긴 합니다만 다른 시스템에서는 경로가 다를테니 그것을 수동으로 직접 쳐 넣는 것은 답이 아닌 것 같습니다. 어떻게 자동으로 찾아서 지정하거나 하는 방법은 없을까요? 보통의 멀티플랫폼용 프로그램에서는 이 부분을 어떻게 처리하는지 궁금합니다.

automake쪽은 좀 써봐서 알겠는데 그냥 Makefile가지고 삽질하려니 쉽지가 않네요.