배포용 실행파일을 부팅시 자동으로 실행시키려면...

C로 두개의 조그만 프로그램을 작성 했습니다.
하나는 환경설정 파일이고 하나는 부팅시 자동으로 실행하게 하는 프로그램입니다.

위 두개의 프로그램은 배포용으로 사용자가 다운로드받으면 먼저 환경설정파일을 실행시키도록 한뒤 이프로그램에서 컴이 부팅되면 자동으로 나머지 실행파일이 동작되도록 할려고 합니다.

이럴경우 환경설정파일에 부팅시 자동실행되는 스크립트를 어떻게 만들어 추가해야 할지 모르겠군요.

프로그램으로 처리 하지않고 MYSQL 이나 APACHE 같은 경우는 etc/rc.d/rc.local 파일에 간단하게 한줄만 적어주면 되는데 이를 프로그램에서 처리 하는 어떻게 하는지 모르겠군요.
또 윈도우 같은 경우는 레지스트리에 등록시키면 간단하게 되던데 리눅스에서는 어떻게 해야 하는지요.

간단한 자동실행되는 스크립트나 처리방법좀 알려 주시면 감사하겠습니다.