윈도우와 리눅스에서 파일을 공유하고 있습니다.

현재는 data라는 파티션을 fat32포맷으로 설정해서 윈도엑스피 시스템 파티션을 670메가 정도의 고스트백업파일로 보관하고 있고,
몇가지 윈도용 프로그램들도 그 파티션에 설치해서 쓰고 있습니다.

즉, 윈도우시스템이 망가졌을 때 윈도우만 새로 설치하거나 백업받아도, data파티션에 설치된 프로그램들은
윈도부팅시에 따로 또 재설치할 필요없이 그대로 사용할 수 있는 것들만 설치했습니다.
예를 들면 7-zip,윈앰프,넥서스파일,케이엠피, 당나귀 같은 것들.......

그런데, 현재 제가 쓰는 데는 별 지장이 없지만, fat32 포맷이 큰사이즈의 파일을 제대로 다루지 못한다는 이야기를 들었습니다.
지금이야 문제가 없지만 나중에라도 혹시 제가 큰 파일을 사용할 일이 있을 때 문제가 생길까봐 질문 드립니다.

고스트백업파일이 fat32포맷 말고 다른 곳에도 저장이 가능한지요?
그리고 다른 포맷에 제가 설치한 자잘한 윈도용 프로그램들이 정상적으로 설치나 보관이 되어서 윈도로 부팅했을 때 사용가능한지요?

ps.
현재 윈도우 시스템파티션은 ntfs로 포맷되어 있고, 공유파티션만 fat32로 포맷되어 있어서
윈도로 부팅한 다음엔 리눅스쪽 파일을 볼 수가 없기에 실수로라도 리눅스시스템을 망가뜨릴 위험이 없다는 점이 가장 좋은 점입니다.