APM 환경의 서버의 사이트가 느리다면 어느 부분을 점검해야 하는지요?

리눅스에 apache , mysql , php 환경의 서버를 운영중입니다.(우분투 breezy 입니다. 조만간 dapper 로 업그레이드 예정)
그런데, 사이트 반응 속도가 좀 느린것 같아 점검을 해야겠는데, 어느부분을 살펴봐야 할까요?
(항상 느린것은 아니고, 보통때는 괜찮은데, 간헐적으로 느려지는 경우입니다 - 원인찾기 힘들겠죠? ㅜㅜ)

1. HDD 속도

 hdparm -t /dev/sda
 
/dev/sda:
 Timing buffered disk reads:  176 MB in  3.03 seconds =  58.06 MB/sec

2. DB 설정 최적화
찾아보니 slow query 같은 것도 확인하는 듯 하고, query cache 도 점검하고 하는 것 같은데,
그외 더 살펴볼 것이 있는지요?
my.cnf 에 slow query log 옵션을 켜놓았는데, 사이트가 더 느려져서 지금은 뺀 상태입니다.

set-variable = long_query_time=2
log-long-format
log-slow-queries       = /var/log/mysql/mysql-slow.log

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딱히 접속자가 많은 것이 아니기 때문에 위 사항만 점검하고 있습니다.(메모리,CPU 사용량이 많지 않습니다)

그 외 어떤 것을 살펴봐야 할까요?(가급적 구체적이면 좋지만, 대략적이라도 좋습니다. ^^ )

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/var/log 의 로그들도 살펴보고 있습니다.
kern.log 를 보니

eth0: too many iterations (6) in nv_nic_irq.