대용량 디비의 최적화 및 재설계..

안녕하세요~
다름이아니라 요즘 저희 회사 디비들이 매우 불안정 합니다.
Mysql 4.0.23 이상 버젼의 Mysql을 사용하는데,
뭔가 정보들을 꾸준히 수집해서 연산을 하고, 통계를 내는 류의 작업을 하는데,
이게 디비용량이 40기가를 넘어섭니다........
한 테이블당 1억만개 이상의 자료가 샇인 것들도 있구요, 용량은 6기가에 육박했었습니다...
물론 나름대로 가비지 데이타 삭제처리하고(힘들었음..), 쪼개고 쪼갰는데,
아무레도 전체적인 디비 운용에 어려움이 보입니다. 테이블도 자주 깨지고.....

제가 생각하기엔 초기 Mysql 설계시 대용량 디비로써의 발전을 생각하지 못하고 구성이 돼어서 이렇게 된듯 한데요,
서비스의 중단을 최소한으로 하면서 디비를 대용량에 맞게 재구성 할 수 있는 방법이 있을지...
아니면 지금 상태에서 대용량 디비로의 최적화를 가능하게 할 수 있는 튜닝항목등이 있을지,
고수님들의 팁을 좀 얻어듣고 싶습니다.....

얼마 전엔 하드 총 용량이 72기가짜리였는데, 임시파일등(복구용)때문에 그 하드용량이 매우 간당간당해서,
300기가 하드를 다시 설치 한 후 심볼릭링크로 여유공간하드로 옮겨서 사용중입니다.
그 작업중에 테이블이 깨지거나 이상있는거 체크, 복구하는데 엄청난 시간이 걸렸답니다.......ㅜ.,ㅜ

물론 오라클이나 더 큰 DBMS를 사용하면 해결이 될듯 하지만, 사정상 그건 좀 어려운 상황이구요...
Mysql 에서 대용량디비로써의 신경써야 할 튜닝기법 및 설계방법에 대한 조언을 부탁드립니다...