bioinformatics

bounavarte의 이미지

혹시 bioinformatics에 관심있으신분 없으신가요?

어떤 언어를 공부할까 망설이고 있는데...
저희 학교 어떤 교수님은 biojava를 쓰고 계시더군요
(개인적으로 java는 ... 거시기해서...)
공부하거나 이분야에 깊이(?) 계신분은
주로 어떤 언어를 사용하나요?
또 어떤 연구를 하고 계신가요?

2년전에 한실험실에 알아봤을 때는 주로 python을 이용해서
DNA microarray를 하시더군요..

lordmiss의 이미지

일반적으로 Perl을 쓰지 않나요? 바이오인포매틱스라면 문자열과 관련된 작업이 제일 많으니 펄을 배우는게 일반적인 것 같습니다.

다만 최신 기술과 관련성을 따진다면 이미지 프로세싱 쪽에 관심을 두셔야 할 듯 합니다...

(별 내용이 없는 글이 되었군요... 쩝...)

ydhoney의 이미지

에에..

펄을 많이들 쓰고 오라일리에서 나온 책도 펄 중심인데..

요즘은 파이썬으로도 많이 가고 파이썬이 더 이득이라는 글이 보입니다.

자료가 있고 없고는 뭐..노력해야지요.

satyrs의 이미지

생물정보학 랩에 석사로 있습니다.

위의 분이 말씀 하신것처럼 요즘 파이썬을 많이 쓰고 있습니다.

저희 랩도 대부분 파이썬을 씁니다. 몇몇분께서 아직까지 펄을 고집하고 계시지만...^^

님께서 펄이 정통하시다면 특별히 파이썬을 배울 필요는 없다고 생각합니다.

하지만 그냥 문법만 아는 정도라면 파이썬이 낳지 않을까 합니다.

둘 다 배우기 쉽기 때문에 다 하셔도 되지만 ... 그럴 필요가 있을까 하네요.

그런데 정말 생물정보학에 관심 있으시다면

펄이나 파이썬보다 자료구조나 알고리즘, 이 것보다 수학을 열심히 하시라고 권하고 싶습니다.

좀 과장에서 말하면 "파이썬 4시간이면 합니다."^^

물론 과장입니다.

코퍼스의 이미지

파이썬도 좋은 언어이고 솔루션도 많이 있지요.

그래도 여러 아이디어가 가장 먼저 구현된다는 점.
관련 패키지 및 기타 응용 패키지의 방대함을 생각한다면 펄을 추천합니다.
(특히 CPAN과의 결합은 환상적입니다.)
그리고 속도도 펄이 조금 더 빠릅니다.

물론, 펄은 초수에서 중수되기가 힘들다는 단점이 분명 있습니다.
어느 정도 언어에 투자한다면 생산성은 펄이 더 나을 수도 있지만 언어 공부에 투자하는 시간이 아깝다면 파이썬이 조금 더 나은 솔루션입니다.

A few Good Man

mycluster의 이미지

http://www.ccbb.re.kr 에 가시면 여러가지 프로그램을 다운로드 하실 수 있읍니다. 한번 살펴보십시오...
새로 프로그램을 짤일이 많을지 아니면 기존의 프로그램들을 고칠일이 많을지는 하는 일에 따라서 달라질것이고 그에 따라서 적당한 언어를 선택하시는 것이 좋을 듯 합니다.

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윈도위의 리눅스 윈도위의 윈도우 리눅스위의 익스플로러

neosphere의 이미지

kldp에서 bioinformatics 단어를 들으니까 신기하네요..^^

bioinformatics 공부한지 2년이 조금 넘은 것 같네요. 펄하고 파이썬에서 특별히 고민하실 필요는 없는 것 같습니다. 그냥 좋은거 쓰시면 될 것 같네요.

biojava 는 성격이 bioperl 이나 biopython 과는 약간 다릅니다. 특정 분야가 있으시다면, 그 분야에 맞는 것을 선택하시는 것이 좋습니다.

DNA MicroArray 분석은 bioperl 이나 biopython 이 아닌 R 로 주로 이루어집니다. 통계분석이 주가 되니까요.

저는 BioPython 과 BioJava 를 사용하구요. 저랑 같이 스터디 하시는 분들이 BioPython 을 사용하시기에... 하지만 BioPerl 도 많은 분이 사용하십니다.

생물정보학에 관심이 있으시다면,

http://bioinfo.sarang.net/ 사이트가 큰 도움이 될 겁니다.

Gentoo. Bioinformatics, Protein Interaction.