소스 컴파일 vs. 패키지 이용

호기심에서 리눅스에 이제 막 발을 들여놓았습니다.
오라일리에서 나온 "러닝 리눅스"라는 책을 보면서,
그리고 이곳을 비롯해서 인터넷에 떠돌고 있는 방대한 자료들을 보면서,
하나씩 하나씩 익히고 있는 중입니다. 근데 어려운 점이 많군요...-_-;

한가지만 질문을 하자면..
kldp.org에서 fedora core1을 받아서 설치했습니다.
이런 저런 애플리케이션들을 rpm을 받아서 설치했습니다.
rpmfind.net 같은 곳을 많이 이용했습니다.
그런데 언젠가부터, 그놈환경에서 시스템설정->응용프로그램설치/삭제를
이용해서 원래 fedora core1 씨디에 있는 것을 설치하려고 하면,
일단 설치할 패키지를 선택한 다음에, 그다음에 "설치 준비중입니다"
뭐 이러면서 파란막대가 한참 올라가다가,
오류가 생겼다고 하면서 업데이트를 못합니다.
fedora core1 씨디 몇번을 넣으라고 하고선 설치하다가
도중에 오류를 내면서 중단되는 경우도 있습니다.
아마도 그놈환경에서 응용프로그램설치/삭제하는 것에서 사용하는
rpm에 관련된 데이터베이스가 뭔가 잘못되었거나, 실제 깔려있는
패키지들의 정보와 그놈환경이 가지고 있는 정보가 서로
안맞는게 아닌가 짐작하고 있습니다. 어떻게 해결해야 할까요?