fork();를이용해서 프로세스를 만들어사용하는데여

안녕하세요
네트웍프로그램에서여
fork();를이용해서 프로세스를 만들어사용하는데여
내부에서
fp = popen(query,"r");를사용합니다
query가 쉘스크립트인데여
스크립트내부에 파일에 입력하고 입력된내용을 사용하는코드가
있읍니다
그러니까
여러프로세스에서 동시에 실행을 할경우
문제가 발생할여지가 있을것같읍니다
이부분을 동기화시키고싶은데여
어떻게하면되나요
혹시 popen자체에 동기화가 이루어지나요
조언부탁드립니다