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쉘 스크립트에서 다른 프로그램을 실행하는 커맨드를 넣고 싶습니다.

seocd74의 이미지
글쓴이: seocd74 / 작성시간: 화, 2017/09/19 - 4:56오후

여러 프로그램을 한번에 실행시키는 쉘 스크립트를 짜고 있습니다.

각 프로그램의 커맨드 명령은 다음과 같습니다
프로그램1
./assemble $reference $fastq1 $fastq2 $kmerSize
프로그램2
abyss-pe k=$4 name=abyss_origin/origin in='$2 $3'
프로그램3
abyss-pe k=$4 name=abyss_input/input in='filename1 filename2'
프로그램4
./lastz_32 abyss_origin/origin-8.fa[multiple] abyss_input/input-8.fa --notransition --step=20 --nogapped --progress=1 --ambiguous=iupac --format=axt+ > sub_align.txt

이 커맨드를 그대로 쉘스크립트에 입력했는데 어디선가 문제가 일어나면서 프로그램 2부터 오류가 납니다. 아무래도 커맨드에 작은따옴표가 있어서 그런것 같은데 어떻게 처리를 해야 할까요?

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프로그래밍 QnA
seocd74의 이미지

글쓴이: seocd74 / 작성시간: 화, 2017/09/19 - 5:02오후

우선 작은따옴표는 역슬래쉬를 이용해서 해결했습니다. 역슬래쉬를 써도 다른 부분에서 오류가 나길래 역슬래쉬를 쓰는 방법이 잘못된것인줄 알았습니다. 시행착오끝에 프로그램 2,3은 돌릴 수 있었습니다.

ㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡ
해결된줄 알았는데 나중에 오류가 뜨네요 ㅜㅜ.. 아시는분 답변 부탁드립니다.

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