프리랜서/사업자 쪽 세금 쪽 잘 아시는 분 있나요? 궁금한 사항이 있어서

직장인이 아닌 프리 형태로 일을 하게 되면 돈 받는 방식이 2가지죠.

1) 3.3% 선공제 후 다음해 5월에 종합소득신고해서 최종 확정하는 방법. IT분야라면 보통 940909 기타자영업으로 처리하는 방식.
2) 개인사업자 낸 다음 회사대 회사 거래하는것처럼 세금계산서 끊는 방법(개인사업자는 엄밀히 말하면 회사죠. 대표가 무한 책임지는.). 이때 부가세에 해당하는 10% 더 받은 뒤에 신고기간에 세무서에 신고해서 낸다는.

그런데 개인사업자를 낸 이후 투잡을 뛸 때 한쪽은 3.3% 선공제하는 방식으로 받고 한쪽은 사업자로 계약해서 세금계산서 끊는 방식으로 돈을 받는 것이 가능한가요?

소득세야 한쪽은 선공제금액 포함하고 한쪽은 부가세 뺀 금액으로 해서 신고하기 때문에 문제가 안되지만.
개인사업자 낸 상태에서 3.3% 선공제로 받게 되면 이 부분을 나중에 세무서에서 부가세 탈세로 간주하고 가산세까지 더해서 뜯어간다는 얘기가 있더군요.
이게 어떻게 되는지 궁금합니다. 940909를 면세용역이라고도 하는데 이게 "부가세 면제"를 말하는 것이라서.

사업자 내야해서.
집에서 잘 안쓰는 복식부기도 공부하는데 머리 아프네요. 프로그램 만들어보기 딱 좋은 숙제. 소규모 개인사업자라면 대부분 필요없지만 법인이면 이거 필수라서 ㅡㅡ;;;;