프로그램이 디스크 입출력하고 있는 파일을 알아내는 방법.

소스수정을 할 수 없는 타 프로세스에 대한 질문으로 이해하고 답변해봅니다.

http://stackoverflow.com/questions/2681501/identify-the-files-opened-a-particular-process-on-linux

lsof 명령을 이용하면 된다고 하네요. lsof는 소스코드가 있으니 분석해보시면 어떻게 얻어내는지 아실 수 있을 겁니다.
공부하시려는 목적이 아니라면, 그냥 셸 명령 호출해서 결과를 파싱하는 방법을 써도 무방할듯 하고요.

윈도의 경우는 http://stackoverflow.com/questions/733384/how-to-enumerate-process-handles 참고.