큰 용량의 데이터 구조체 다루는 방법

환경은 임베디디드 환경 arm9에 128M 정도입니다.

기존의 file system에 직접 data를 저장하는 방식에서
sqlite3를 이용한 DBMS를 적용하고 있습니다.

문제는 기존의 시스템은 바로 데이터 파일에 접근해서 데이터를 가져오지만
sqlite3의 경우, 특히, 레코드가 많은 테이블을 접근할때는 시간이 너무 많이 걸린다는 것입니다.

문제가 되는 빈번히 접근해야 하는 테이블의 경우 모두 꽉찬 경우는 530Kbyte정도입니다.

질문 :
그래서 빈번히 접근하는 D/B 테이블의 경우 메모리 상이나 file system에 저장해서 사용하려고 하는데요.
구조체 배열을 파일에 저장해서 써야할까요??
아님 메모리상에 올려놓고 사용하는게 좋을까요??
이렇게 되면 수정/삭제시 두군데 다 수정을 해줘서 싱크를 항상 맞춰야 하는 문제도 있을듯 하는데요..
싱크 문제나 여러가지로 고려 했을때 가장 효율적인 방법이 어떤것일지요??
제가 솔직히 C프로그래밍에 능숙하지 못해서 되도록이면 구체적으로 설명해 주시면 대단히 감사하겠습니다.~ ^^