환경설정 파일 위치 정하기? 알아내기?

안녕하세요.

리눅스에서는 설정파일들이 /etc, /usr/local/etc/ 등에 위치하는 걸로 알고 있습니다.

실제로 프로그래밍할 때는 설정파일 위치를 보통 어떻게 정하나요?
예를 들어 설정파일 myprg.conf 라고 할 때
/etc/myprg.conf, /usr/local/etc/myprg.cnf 등이 될 수 있을 텐데요.
이런 위치가 컴파일할 때 (하드코딩?) 되는 건가요?

이 부분에 대한 설명이나 가이드를 있을까요?