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sqlite3에 RTREE가 내장되어 있습니다. 라이센스도 제가알기로 PUBLIC LICENSE를 사용하여 괜찮을 것 같구요.
좀더 이론이나 개념을 알고 싶으시다면 "화일구조, 이석호, 정익사"를 추천합니다.
10장 다차원공간파일 에서 k-d트리부터 R+트리까지 모두 다루고 있습니다.