우분투 서버 사용중 문제입니다. 꼭 답변 부탁드려요~

안녕하세요. 리눅스 초보 입니다.
연구실 서버로 우분투8.10 서버버전을 설치해서 삼바서버를 사용하고 있습니다.
연구실 서버로 사용하는 컴퓨터의 정보는 아래와 같습니다.
Linux usrgserver 2.6.27-7-server #1 SMP Tue Nov 4 20:18:35 UTC 2008 i686 GNU/Linux

리눅스 초보라 설치 때부터 계속 찾아 가면서 설치해서 사용하고 있는데요, 개인용 컴퓨터에서 서버에 접속할 때,

어떤 때는 바로 접속이 되는데, 종종 접속중에 접속이 안되고 먹통이 됩니다. 저 같은 경우는 토탈커맨더를 사용해서 접속을 하는데요, 토탈커맨더가 먹통이 됩니다.

연구실 다른 사람의 경우는, 접속이 잘되서 자료를 다운 받다가 몇 분이 지나면 자료 받는 중에 먹통이 된다고 합니다.
접속이 잘 되지 않고요.

일전에 업체에 맡겨서 centos로 서버 운영을 하다가 해킹을 당해서 제가 비교적 쉬운 우분투로 운영체제를 바꿨고, 운영체제를 바꾼후에도 한 번 해킹을 당해서 비밀 번호를 어렵게 설정해 놓고 현재까지 사용하고 있습니다.
(iptable을 만들어서 해킹 위험을 줄이려고 했는데, 제가 초보이다 보니 iptable만드는 것도 시간이 좀 걸려서요..어쨌든 현재는 비밀번호를 아주 어려운 걸로 설정해 놓고 쓰고 있습니다. ^^::)

다시 한 번 질문을 요약해 드리면요,
다른 컴퓨터에서 서버에 접속할 때 접속이 잘 안되거나(1. 먹통이 되거나 2. 드라이브를 찾을 수 없습니다. 이런 메시지가 뜹니다.), 접속이 되더라도 자료를 받는 중에 자꾸 먹통이 됩니다.(<--여기서 먹통의 의미는 모래시계 표시만 계속 되는 상태예요, 아무키도 안먹구요..-_-)

자꾸 이런 증상이 나타나다 보니 연구실 사람들이 관리쉬운 윈도우 서버로 바꾸자고 합니다.
저는 리눅스를 사수하고 싶습니다. ^^a
답변 꼭 좀 부탁드립니다.