프로그램 소스컴파일 설치에 대한 이해

안녕하세요,

리눅스 및 유닉스 시스템에 소스로 프로그램을 설치하는 과정에 대해 구체적으로 알고 싶습니다.

늘 의미도 모르고 ./configure 를 하고,, 뭔지도 모르는 옵션을 뒤에 줄줄이 달고..
make > make install 하다가 에러나 나면 그대로 복사해서 구글에 물어보고 깔라는거 깔고 지우라는거 지우는 식으로 일을 진행하다 보니 이제는 한계가 생기는군요.. 이런 방식이 답답하기도 하구요.

시스템 엔지니어링을 원할히 하기 위해선 뭐를 공부해야 할까요?
단순히 쉘프로그래밍과 C 프로그래밍을 알면 되는건가요? 문제가 단순히 언어적인 이해전제가 없어서 그런것 맞나요?

소스트리를 구성하고 컴파일, 설치를 하는 과정에서 소스에 대한 이해만큼이나 시스템의 환경에 대한 이해 또한 중요한것 같습니다...
설치될 서버 환경과 프로그램 의존성 같은 문제들 말이죠.
소스트리 구성시 의존 소프트웨어의 헤더파일을 찾고, 공통 라이브러리의 위치를 지정해주는 등등..

알아야 할 사항이 한두가지가 아니고 일일히 열거할수 없다는것 또한 알고 있습니다.
다만 알아야 할 사항들이 너무 많아 뜬구름 같은 느낌입니다.ㅠㅠ

길잡이 의미로써 사전에 필요 지식과 학습방법에 대한 설명을 좀 부탁드립니다..
IDE 세대에 프로그래밍을 배웠더니 기존 C 방식의 컴파일 설치들이 너무 무색하기만 합니다..

컴파일과 배포는 IDE가 다 알아서 해주다가 직접 하려니 이렇게 어려울수가 없군요...ㅠㅠ

참고로 이 글을 적게된 계기는 HP-UX 11i 에 LightTPD를 설치하려다 생긴 문제 입니다^^;; 혹시 경험 있으신 분은 도움좀 주세요~~