automake 를 사용하면 내부적으로 만듭니다.
이것은 gcc의 -M 옵션을 사용하지요.

gcc -M gui.cpp

라고 해보세요.

하단의 소스는 제가 사용하는 Makefile 입니다.
이건 gcc 의 -M 옵션을 이용하여 의존성 데이터 파일을 생성한후
컴파일 해주는겁니다.
상단의 CC, CXX, HOME_DIR, INC, LIBS, CFLAGS, SRCS, TARGET 를
적당히 변경하시고 사용하시면 될 듯하네요.
C로 코딩된거라면

OBJS = $(SRCS:.cpp=.o)
DEPS = $(SRCS:.cpp=.d)

gcc 의 -M 옵션 사용법을 익히는데 도움이 될까해서 올립니다.

CC          = /usr/local/gcc/bin/gcc
CXX         = /usr/local/gcc/bin/g++
HOME_DIR    = ../..
INC         = -I../common -I/usr/local/mysql/include/mysql
LIBS        =
CFLAGS      = -Wall -Winline -DDEBUG -ggdb

SRCS        = cmysql.cpp ccandle_date_index.cpp cdatetime.cpp

TARGET = anchor_cpp_lib.a


OBJS = $(SRCS:.cpp=.o)
DEPS = $(SRCS:.cpp=.d)

.PHONY : clean new all $(TARGET)

all : $(TARGET)

$(TARGET) : $(OBJS)
        @echo "CREATE [$@]"
        @ar -rf $@ $(OBJS)

clean :
        rm -rf $(OBJS) $(DEPS) $(TARGET) core

new : 
        @$(MAKE) -s clean
        @$(MAKE) -s

%.o : %.cpp
        @echo "Compile $< --> $@"
        @$(CXX) $(INC) $(CFLAGS) -c $< -o $@

%.o : %.c
        @echo "Compile $< --> $@"
        @$(CC) $(INC) $(CFLAGS) -c $< -o $@

%.d : %.c
        @echo "Dependency Reset $< ==> $@"
        @set -e; rm -f $@; \
        $(CC) $(INC) -M $(CFLAGS) $< > $@.$$$$; \
        sed 's,\($*\)\.o[ :]*,\1.o $@ : ,g' < $@.$$$$ > $@; \
        rm -f $@.$$$$

%.d : %.cpp
        @echo "Dependency Reset $< ==> $@"
        @set -e; rm -f $@; \
        $(CXX) $(INC) -M $(CFLAGS) $< > $@.$$$$; \
        sed 's,\($*\)\.o[ :]*,\1.o $@ : ,g' < $@.$$$$ > $@; \
        rm -f $@.$$$$

-include $(DEPS)

위의 ssehoony 님이 하단에 올려주신 예제대로 Makefile을 작성해서 사용하고 있는데 의문점이 있어서 글을 올립니다.

처음 % make 를 실행하여 .d파일과 .o파일 그리고 실행파일을 만든다음에 % make clean 을 실행하였을 경우는 아무문제없이
clean :
rm -rf $(OBJS) $(DEPS) $(TARGET) core
이 부분이 실행이 되는데

clean이 된 상태에서 다시한번 % make clean 이 실행이 되면 한번 dependency 파일을 만든뒤에 rm 이 실행됩니다.
.d 파일만 재생성->삭제 가 되는 이유가 무엇일까요

아래는 제가 테스트용으로 작성한 Makefile과 실행시 결과입니다.

[user@new user]$ cat Makefile
#
#Makefile
#

CC=gcc
LIBS=
CFLAGS=-g -I./tmp

SRCS=a.c b.c
OBJS=$(SRCS:.c=.o)
DEPS=$(SRCS:.c=.d)

BINDIR=./bin

TARGET=test

all : $(TARGET)

new :
@$(MAKE) -s clean
@$(MAKE)

test : $(OBJS)
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(OBJS)

%.o : %.c
@echo "Compile $< --> $@"
@$(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@

%.d : %.c
@echo "Dependency Reset $< ==> $@"
@set -e; rm -f $@; \
$(CC) -M $(CFLAGS) $< > $@

install :
mv -f $(TARGET) $(BINDIR)

clean :
rm -f $(OBJS) $(DEPS) $(BINDIR)/$(TARGET)

-include $(DEPS)

[user@new user]$
[user@new user]$ make
Dependency Reset b.c ==> b.d
Dependency Reset a.c ==> a.d
Compile a.c --> a.o
Compile b.c --> b.o
gcc -g -I./tmp -o test a.o b.o
[user@new user]$
[user@new user]$ make clean
rm -f a.o b.o a.d b.d ./bin/test
[user@new user]$
[user@new user]$ make clean
Dependency Reset b.c ==> b.d
Dependency Reset a.c ==> a.d
rm -f a.o b.o a.d b.d ./bin/test
[user@new user]$
[user@new user]$