expect라고 해서 tcl로 만들어진 녀석이 있습닏..
perl이나 python도 유사한 프로젝트가 있는걸로 압니다..
interactive한 것들을 non-interactive하게 만들수있습니다..
마치 예전의 이야기에 들어있던 '혼잣말'같은 것과 유사하다고 보면됩니다..
물론 이야기쪽에서 expect를 따라했겠지만요..:D

혹시 bash 기반의 스크립트에서는 되는게 없나요?
전에 ftp 같은 경우는 바로 로긴 하는 것을 본듯도 한데..

#!/bin/sh
# 변수값은 알아서 세팅하세요, 매개변수로 받으셔도 되고

ftp -n $Server <<End-Of-Session
user $Username $Password
binary
bell
cd $Directory
put $Filename
bye
End-Of-Session

scp 이용할 때 암호를 묻지 않게 하는 것은...

SSH를 passphrase가 없는 인증 키로 로그인하게 하면 암호를 묻지 않겠지요.
보안상 안전한 환경이면 passphrase없는 키를 이용해 보세요.

ssh, scp 같은 경우, ssh-agent 를 이용하시면 됩니다.