자세한건 요기
http://maketecheasier.com/shrink-your-virtualbox-vm/2009/04/06

XP Guest 기준 간단 설명
vdi 파일은 100G 가까이 되는데, 정작 XP 켜서 용량 확인하면 남은 용량 70GB 정도 찍히면 많이 아깝죠.
그걸 줄여줍니다.

1. 윈도 켜고

2. 조각모음

3. http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb897443.aspx
sdelete -c c:

4. 윈도 끄고

5. VboxManage modifyvdi /path/to/your/VM.vdi compact